Dentro de Matrix, Thomas Anderson (Keanu Reeves) é um desenvolvedor de videogames de sucesso, criador de uma série de jogos baseada em sonhos de suas memórias fracas de ser Neo. Anderson continua encontrando Tiffany, uma mãe casada que o lembra de Trinity. Anderson luta para separar sua realidade percebida de seus sonhos. O terapeuta dele prescreve pílulas azuis para manter a sanidade. Anderson comanda um exemplo privado de seu jogo, fora da Matrix. Bugs, capitã da nave Mnemosyne, encontra o jogo executando o antigo código de Trinity. Bugs encontra um agente se comportando estranho, descobrindo que ele é um programa que encarna Morpheus, e ajuda a libertá-lo antes que o parceiro de negócios de Anderson, Smith, o apague. Bugs e sua equipe da resistência descobrem que Neo ainda está vivo, apesar de sua aparente morte no final da Guerra das Máquinas. Iludindo Smith, Bugs e Morpheus convencem Anderson que ele está vivendo dentro da Matrix, e Anderson concorda em ser extraído, novament...