Ambientado na China dos anos 1930, no árido e vasto planalto de barro amarelo. Um jovem soldado comunista chega à região com a missão de coletar canções folclóricas e orientar os camponeses sobre os desafios futuros da terra. O nosso jovem soldado comunista, Gu conhece uma família humilde: um pai de costumes rígidos, a jovem Cuiqiao e seu irmão silencioso. A menina vive aprisionada pelas tradições, pela pobreza e por um casamento arranjado, mas sonha com mudanças e quer de alguma forma fugir dessa tradição.
Em 1944, na Espanha, a jovem Ofélia e sua mãe doente chegam ao posto do novo marido de sua mãe, um sádico oficial do exército que está tentando reprimir uma guerrilheira. Enquanto explorava um labirinto antigo, Ofélia encontra o Fauno, que diz que a menina é uma lendária princesa perdida e que ela precisa completar três tarefas perigosas a fim de se tornar imortal.