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"E.B.E" é um termo abreviado entidade biológica extra terrestre. O episódio foi escrito por Glen Morgan e James Wong, e dirigido por William Graham. O episódio aborda mais o grupo The Lone Gunmen, interpretados por  Bruce Harwood, Dean Haglund e Tom Braidwood. O caso de hoje mostra os agentes Mulder e Scully investigam a possível queda de um UFO (objeto voador não identificado). Eles se encontram cheios de dúvida sobre a autenticidade das informações dadas pelo FBI, até mesmo por seus informantes secretos.

Em Baltimore, o empresário George Usher chega ao seu prédio de escritórios. Ele é vigiado de um bueiro por alguém que então entra no prédio subindo pelo poço do elevador para o sistema de ventilação, e mata Usher removendo seu fígado. O assassinato de Usher foi o mais recente de três e é atribuído ao agente de carreira do FBI Tom Colton (Donal Logue), que pede ajuda a Dana Scully (Gillian Anderson). Colton está perplexo com a falta de pontos de entrada nas cenas do crime e pela aparente remoção dos fígados com as próprias mãos. Fox Mulder (David Duchovny) nota sua semelhança com as séries de assassinatos anteriores de 1933 e 1963. Na cena, ele nota uma impressão digital alongada na ventilação, que ele acha ser semelhante a algumas documentadas nos Arquivos X. Ele conclui que, como cinco assassinatos ocorreram durante as farras anteriores, os investigadores devem esperar para investigar mais.

Quando o corpo de um bebê com problemas físicos é encontrado enterrado em um campo de beisebol, Mulder e Scully investigam uma família suspeita de endogamia. Escrito por James Wong e Glen Morgan, e dirigido por Kim Manners, o teor obscuro e crítico, chegando a fazer referência a Guerra Civil Americana , fez o episódio da série Arquivo X ser proibido de reexibição e impedido de passar em diversos países 

Exibido originalmente em 1993. Foi dirigido por David Nutter e escrito por Glen Morgan e James Wong. O episódio chegou a ser assistido por 10 milhões de pessoas na estreia, se tornando um dos mais populares da série. Nele, um grupo de geofísicos no estão fazendo uma pesquisa em Doolittle Airfield, Alasca, no topo do mundo. Um deles está querendo se matar com uma arma em punho. Vemos um cachorro andando na base no meio do gelo e um homem em estado de nervos em meio de uma tempestade de gelo. É então que os agentes Mulder e Scully são acionados para o caso. O episódio foi inspirado na novela de John W. Campbell, "Who Goes There?" de 1938, em um artigo científico de uma escavação da Groelândia onde encontraram um objeto com mais de 250,000 mil anos de idade e no filme de John Carpenter, "O Enigma de Outro Mundo" (1982)

Shadows é o sexto episódio da sexta temporada de X-File (Arquivo X), e apareceu pela primeira vez na Fox 22 de outubro de 1993. Foi escrito por Glen Morgan e James Wong e dirigido por Michael Katleman. Esse é um do episódios ao estilo "monster-of-the-week" independente do arco mitológico da série. Dois assaltantes são encontrados mortos em um beco da Filadélfia depois de roubar uma mulher, Lauren Kyte, em uma caixa automático. Mulder e Scully investigam o caso quando chamados por um par de agentes de uma agência desconhecida. Os corpos são encontrados com uma carga elétrica e suas gargantas foram esmagadas por dentro. Enquanto isso, Lauren se reúne com seu chefe, Robert Dorlund, e pede demissão devido à sua dor pela morte do parceiro de Dorlund, Howard Graves, que supostamente cometeu suicídio semanas antes

Escrito por Larry e Paul Barber, e dirigido por Rob Bowman, com a participação especial de Nicholas Lea. Um típico episódio "monstro da semana", e não pertencente a linha do tempo do arco mitológico. Scully e Mulder investigam uma série de assassinatos ocorridos depois de encontros sexuais. Os dois agentes do FBI investigam uma morte relacionada a indícios de feromônios, aparentemente relacionado com um grupo religioso vivendo em Kindred, de Massachusetts, que vive como se ainda estivessem no século XIX, ideais parecidos com a cultura Amish.   

Em Crystal City, Virgínia, sede da empresa de software Eurisko, o fundador Brad Wilczek e o diretor executivo Benjamin Drake discutem sobre cortes. Depois que Wilczek sai, Drake escreve um memorando propondo a paralisação do Sistema Operacional Central (COS), um computador que administra o Edifício Eurisko. Vendo isso através de uma câmera de vigilância, a COS monta uma armadilha e atrai Drake para um banheiro, trancando a porta atrás dele. Drake tenta usar seu cartão-chave para abri-lo, mas ele rejeita o cartão. Quando ele insere uma chave de substituição manual, ele é fatalmente eletrocutado. O agente Jerry Lamana, ex-parceiro de Fox Mulder, se aproxima dele e de Dana Scully para ajudar a investigar o assassinato de Drake.

Dana Scully recebe seus pais, William (Don Davis) e Margaret Scully (Sheila Larken), logo após o Natal. Depois que eles saem, ela adormece no sofá. Algumas horas depois, ela acorda para ver seu pai sentado em frente a ela, falando silenciosamente. O telefone toca, e ela atende a chamada, de sua mãe, que diz a ela ter más notícias sobre seu pai. O episódio teve influencia de  O Silêncio dos Inocentes  e teve participação dos grandes atores  Brad Dourif (Duna e Ragtime) e de Don Davis, o major Briggs, da série Twin Peaks

Os agentes viajam para Browning, Montana, para investigar a morte de um homem nativo-americano, Joseph Goodensnake, pelo fazendeiro local Jim Parker. O assassinato parece ser motivado por uma disputa de terras, embora Parker afirme que ele atirou em um animal monstruoso em vez de um humano, acertando o rapaz indígena supostamente por engano. O filho de Parker, Lyle, tem cicatrizes que dão credibilidade à história, mas os agentes estão desconfiados, Mulder de algo sobrenatural e Scully de que se trate de um homicídio, tendo que fazer uma investigação e uma incursão nas terras e na cultura indígena

Em Greenwich, Connecticut, um casal que faz corrida encontra sua vizinha, uma jovem chamada Teena Simmons, sozinha em sua garagem. Depois que ela explica que seu pai está no quintal e queria "algum tempo ", o casal encontra seu pai sentado morto em um balanço com duas incisões no pescoço. Quando os agentes Fox Mulder e Dana Scully chegam, Mulder explica que ele acredita que a marca pode ser um exemplo de mutilação extraterrestre. Quando Mulder e Scully conversam com Teena, ela afirma ter visto "relâmpago vermelho" quando seu pai morreu e que "homens das nuvens" queriam tirar seu sangue.